La création de l'association faîtière Chœur des Nations Suisse au printemps 2011 a permis de créer un cadre dans lequel tous les sites choraux peuvent conserver leur individualité tout en poursuivant des objectifs et des préoccupations communs de manière synergique. Il s'agit notamment de la recherche de sponsors, de l'administration ainsi que de l'organisation et de la programmation de représentations communes des différents chœurs. L'association faîtière élabore des accords contraignants pour le Chœur des Nations et fournit des prestations de coordination.
Les travaux d'organisation au niveau de l'association faîtière sont toujours effectués bénévolement, comme dans les comités des différents sites choraux. Le caractère d'utilité publique du Chœur des Nations doit être maintenu malgré sa taille croissante.
La coprésidence de l'association faîtière est actuellement assurée par Theres Spirig-Huber (présidente du Chœur des Nations de Berne) et Thomas Wyss (président du Chœur des Nations de Zurich).